連云港海事局是交通部設(shè)置在連云港的直屬海事機(jī)構(gòu)，其前身為1987年2月18日交通部組建的交通部連云港海上安全監(jiān)督局，為副局級(jí)單位。1999年12月28日，改為中華人民共和國(guó)連云港海事局并正式掛牌組建，為交通部直屬一級(jí)行政單位。2002年6月1日，部決定連云港海事局作為江蘇海事局分支機(jī)構(gòu)進(jìn)行管理，對(duì)外仍保留直屬海事局序列。2004年6月-10月，連云港海事局完成與連云港市、鹽城市地方海事機(jī)構(gòu)的劃轉(zhuǎn)交接工作，鹽城海事局、灌河海事處等單位先后掛牌成立。2013年6月，連云港海事局按照直屬海事系統(tǒng)“轉(zhuǎn)公”要求，完成核編轉(zhuǎn)制和內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)調(diào)整。2014年1月1日，鹽城海事局管理關(guān)系從連云港海事局調(diào)整到江蘇海事局。2016年5月10日，根據(jù)交通運(yùn)輸部《關(guān)于調(diào)整長(zhǎng)江海事局、江蘇海事局、連云港海事局管理關(guān)系的通知》要求，連云港海事局與江蘇海事局簽訂《江蘇海事局連云港海事局管理關(guān)系調(diào)整交接協(xié)議》，連云港海事局調(diào)整由部海事局直接管理，鹽城海事局由江蘇海事局成建制劃轉(zhuǎn)連云港海事局，作為分支機(jī)構(gòu)進(jìn)行管理。目前，連云港海事局下設(shè)部門、單位23個(gè)。為辦公室、黨組工作部、紀(jì)檢監(jiān)察處、綜合計(jì)劃處、人事教育處、財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)處、直屬機(jī)關(guān)黨委辦、法規(guī)規(guī)范處、指揮中心、通航管理處、船舶監(jiān)督處、危管防污處、船員管理處、科技信息處、政務(wù)中心、船員考試中心、交管中心、鹽城海事局、連云海事處、墟溝海事處、灌河海事處、贛榆海事處、后勤管理中心。根據(jù)《交通運(yùn)輸部關(guān)于中華人民共和國(guó)連云港海事局主要職責(zé)機(jī)構(gòu)設(shè)置和人員編制規(guī)定的通知》（交人勞發(fā)[2013]245號(hào)），連云港海事局主要職責(zé)為：一、貫徹和執(zhí)行國(guó)家水上交通安全、航海保障、船舶和水上設(shè)施檢驗(yàn)、環(huán)境保護(hù)、海洋管理等方面的法律、法規(guī)和規(guī)章，實(shí)施有關(guān)多邊與雙邊國(guó)際條約，結(jié)合本轄區(qū)實(shí)際情況，制定實(shí)施細(xì)則，并監(jiān)督執(zhí)行。二、管理或負(fù)責(zé)規(guī)定區(qū)域內(nèi)國(guó)際航行船舶和國(guó)內(nèi)航行船舶的船舶登記，以及船舶法定配備的操作性手冊(cè)與文書審核簽發(fā)工作；負(fù)責(zé)轄區(qū)內(nèi)外國(guó)籍船舶管理工作和審理外國(guó)籍船舶（包括港澳地區(qū)船舶）進(jìn)入本轄區(qū)未開放水域或港口的申請(qǐng)，并按規(guī)定程序上報(bào)審批；負(fù)責(zé)口岸的海事管理工作。三、按照授權(quán)，負(fù)責(zé)船舶檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)、引航機(jī)構(gòu)、船員服務(wù)機(jī)構(gòu)、海員外派機(jī)構(gòu)和培訓(xùn)機(jī)構(gòu)的監(jiān)督管理工作；負(fù)責(zé)轄區(qū)航運(yùn)公司安全與防污染監(jiān)督管理工作，以及船舶所有人、經(jīng)營(yíng)人實(shí)施有關(guān)法律、法規(guī)、國(guó)際公約的指導(dǎo)和管理工作。四、按照授權(quán)，負(fù)責(zé)船員、引航員、磁羅經(jīng)校正人員和海上設(shè)施工作人員適任資格的注冊(cè)、培訓(xùn)、考試和發(fā)證管理、船員服務(wù)簿和海員出入境證件發(fā)放及管理、船員專業(yè)與特殊培訓(xùn)管理及其考試發(fā)證工作。五、負(fù)責(zé)轄區(qū)內(nèi)重大水上交通事故、船舶重大污染事故處置及調(diào)查處理的組織、指揮和協(xié)調(diào)工作；負(fù)責(zé)組織、指導(dǎo)或具體實(shí)施邊轄區(qū)船舶防臺(tái)、搜尋救助及水上交通事故、污染事故、水上交通違法案件的調(diào)查處理工作。六、管理、指導(dǎo)或具體負(fù)責(zé)轄區(qū)內(nèi)“船旗國(guó)”“港口國(guó)”和“沿岸國(guó)”管理、船舶安全檢查、國(guó)際航行船舶進(jìn)出口岸查驗(yàn)、國(guó)內(nèi)航行船舶進(jìn)出港簽證、強(qiáng)制引航監(jiān)督、船舶保安和防抗海盜、船舶載運(yùn)危險(xiǎn)貨物及其他貨物的安全監(jiān)督、靠泊安全監(jiān)督、防治船舶污染水域監(jiān)督等工作。七、管理、指導(dǎo)或具體負(fù)責(zé)轄區(qū)內(nèi)“沿岸國(guó)”管理、海區(qū)（或水域）巡邏、通航環(huán)境管理與通航秩序維護(hù)、水上水下施工作業(yè)審核及監(jiān)督管理、錨地和重要水域劃定、港區(qū)岸線使用審核、航行警（通）告發(fā)布等工作。八、負(fù)責(zé)船舶港務(wù)費(fèi)、港口建設(shè)費(fèi)、船舶油污損害賠償基金等非稅收入的征收管理工作。九、負(fù)責(zé)管理、指導(dǎo)本局機(jī)關(guān)和所屬分支機(jī)構(gòu)的海事業(yè)務(wù)、法制、規(guī)劃計(jì)劃、基本建設(shè)、財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)、固定資產(chǎn)、規(guī)費(fèi)征收、干部人事、勞動(dòng)工資、技術(shù)裝備、科技教育、政務(wù)信息、黨群、審計(jì)、紀(jì)檢監(jiān)察、精神文明建設(shè)、宣傳等工作。十、承辦交通運(yùn)輸部、交通運(yùn)輸部海事局交辦的其他事項(xiàng)。